Em setembro de 2003, alguns pós-graduandos da Universidade de São Paulo iniciaram o diálogo para a criação de uma entidade que integrasse as pessoas que fazem pesquisas sobre economia solidária no Brasil. Uma primeira reunião aconteceu em novembro daquele ano, por ocasião de um seminário. O passo seguinte foi a realização de um encontro naquela mesma universidade em 24 de abril de 2004, algo que marcou o início do processo de formalização da ABPES. Exatamente um ano depois, com 15 pesquisadores, a Associação foi fundada.
Em agosto de 2005, durante outro seminário também na USP, novos associados começaram a ser integrados.
A segunda Assembleia Geral Ordinária aconteceu em São Paulo, na USP, em 27 de julho de 2008, a terceira em Campinas, na Unicamp, em 18 de setembro de 2009 e quarta em 22 de setembro de 2012.
